Les sites où la LPO exerce un suivi de gestion du milieu et des espèces sont des lieux qui comportent un enjeu environnemental important, autant en terme de protection des espèces et des habitats qu’en terme d’étude naturaliste. On peut citer par exemple :

Propriété de la LPO Yonne :

• la Réserve ornithologique de Bas-Rebourseaux à Vergigny
• le refuge conservatoire des Anceaux à Malicorne

En co-propriété avec le Conservatoire d’espace naturels de Bourgogne :

• Le site des boulins (La Maladrerie) à Saint-Julien du Sault

Bien d’autres sites sont gérés en convention avec les propriétaires, privés, entreprises ou collectivité publique (Mairie, école, centre de loisirs ...)